作科所牵头绘制出小麦D基因组精细图

近日，中国农业科学院作物科学研究所贾继增研究员主导的研究团队在小麦D基因组测序研究中又取得新进展，该研究揭示了转座子（TE）在小麦基因组中的重要功能，研究成果将极大加速小麦重要基因克隆和分子育种研究。相关研究论文于2017年11月20日在线发表在《自然—植物（Nature Plants）》期刊上。

小麦是世界上重要的农作物之一，基因组巨大而且复杂，和其它作物相比转座子含量特别高，基因组超大，这使得小麦基因组测序组装异常困难。粗山羊草是小麦D基因组供体种，对小麦品种改良非常重要。该研究团队在2013年完成了粗山羊草基因组草图的绘制工作，研究成果在《自然（Nature）》上发表。该文发表后在全世界上产生了很大影响，4年多来已被引用412次，成为小麦研究领域的高引论文之一。然而由于当时技术条件的限制，组装的水平有限，因而影响了研究的深入与基因组信息的利用。

近年来，该团队利用二代、三代等测序技术与最新的组装技术，对D基因组重新测序与组装，将组装质量提高210 倍，完成了染色体级别的D基因组精细图谱的绘制。利用高质量的组装结果，准确地进行了基因注释，构建了基因分布图、基因表达图、假基因分布图、重复序列分布图、甲基化分布图、重组率分布图和smallRNA分布图。研究发现，粗山羊草基因组中有一批基因在近期发生了复制。研究还重点分析了转座子对基因组结构、基因复制、假基因形成与基因表达的影响，发现有近1/2的基因中携带有TE，是已测序基因组中携带TE基因最多的物种，也是迄今为止报道的假基因数量最多的物种。TE通常还抑制基因的表达。该研究还首次把近30年来三代分子标记和之前检测到的重要农艺性状基因和QTL定位到小麦D基因组上，获得一个完整的整合图谱。

该研究得到了国家重点研发计划(2016YFD0101004）、国家自然科学基金、中国农科院科技创新工程和青年千人计划启动资金等项目资助。中国农科院作科所赵光耀副研究员、邹枨副研究员等为本文共同第一作者，作科所贾继增研究员、孔秀英研究员、毛龙研究员等为共同通讯作者。（通讯员 巫祥云）