新技术助拉沙病毒基因组快速测序

在2018年拉沙病毒暴发高峰时第一批部署某种移动式纳米孔测序技术来评估病毒基因组的研究人员，如今报告了他们的结果。据他们披露，这种新兴技术能在实地对可能的疫情暴发进行实时表征，回答有关病毒株类型及传播途径等时间上敏感的问题。

拉沙热是西非地区流行的一种病毒性出血热疾病，该病主要由进食遭感染鼠类污染食物引发。拉沙病毒感染病例一直呈稳定上升。然而，2018年初，尼日利亚的拉沙病毒感染病例急剧飙升，并引发了可能出现一种新的毒力更强病毒株。

Liana Eleni Kafetzopoulou和同事采用了一种新的基因组技术（即用小型便携式牛津纳米孔MinION装置的宏基因组纳米孔测序技术），它能在疾病暴发进展之时直接用临床标本对病毒基因组进行快速、移动性测序。

通过在为期7周的时间内对总共120个拉沙病毒阳性样本进行测序，结果表明，鼠源性污染是造成该次暴发的主要驱动因素。但无法揭示该次疫情是否归咎于某种新型病毒株，它们也不能揭示该病毒已转变为人与人之间的传播。

据作者披露，该技术能够在疾病暴发初期快速提供详细且实时的病原体表征，这能让公共卫生当局恰当地做出反应和资源分配。

相关论文信息：DOI: 10.1126/science.aav8958